Šilokarčema (vok. Heydekrug) rašytiniuose šaltiniuose pirmą kartą paminėta 1511 m. vasario 22 d., kai Klaipėdos miesto komtūras Michaelis von Švabas (vok. Michael von Schwabe) suteikė Jurgiui Talaičiui (vok. Georg Tallat) privilegiją „laikyti šile karčemą“ su laukais, miškais, įdirbtomis dirvomis ir su teise laisvai žvejoti Kuršių mariose.
Dabartinėje Šilutės teritorijoje XVI a. jau buvo trys savo išsivystymo lygiu skirtingos gyvenvietės: Verdainė, kurioje jau stovėjo bažnyčia (1550 m.), mokykla (1588 m.) bei karčema (1566 m.), kurią XVII a. nuomojo filosofo I. Kanto prosenelis; Šilokarčemoje buvo taip pat jau karčema ir šalia prekyvietė; Žibų kaimas pirmą kartą paminėtas 1540 m.
Gyvenviečių ūkinė veikla pagyvėjo tik XVII a., kai per Verdainę pasuko arklių pašto linija Klaipėda (vok. Memel) - Klevė (vok. Klewe). Šilokarčemą ypač išgarsino joje vykdavę dideli turgūs, kuriuose kanapėmis, linais, medumi ir taukais prekiavo žemaičiai. Pamario žvejai siūlė įvairios žuvies, pievininkai – šieną, Klaipėdos ir Karaliaučiaus pirkliai – metalo gaminių, prieskonių, druskos, tabako ir cukraus.
Gyvenviečių plėtrą sustabdė 1707-1711 m. maras, Rytų Prūsijoje mirė beveik pusė visų gyventojų. Yra žinoma, kad Žibų kaime liko tik trys gyventojai. Po tokios katastrofos norėdama paskatinti ūkinį gyvenimą Prūsijos vyriausybė pakvietė į kraštą kolonistus, vykdė administracinę reformą, steigė valstybinius dvarus, daugeliui stambesnių gyvenviečių suteikė miesto teises. Buvo numatyta miesto teises suteikti ir Verdainei - Šilokarčemai. 1721-1724 m. paruošti net trys miesto užstatymo planai, surašyti visų trijų gyvenviečių gyventojai. Šilokarčemoje tuo metu gyveno 32 amatininkai: 6 batsiuviai, 3 puodžiai, 3 odminiai, 3 tekintojai, 2 audėjai, 2 mūrininkai, 2 siuvėjai, dažytojas, katilius, kubilius, mėsininkas, stiklius ir virvininkas, tabako gamintojas, stalius, dailidė.
Tačiau miesto teisių Šilokarčema negavo, nes tam pasipriešino Klaipėdos ir Tilžės miestai. 1730 m. matininkas I. F. Betgenas paruošė būsimo miesto planą, kuriame miesto centras numatytas prie Šyšos kilpos, buvusi Šilokarčemos turgaus aikštė. 1736 m. buvo įkurtas Šilokarčemos valsčius, šaltiniuose jau minima mokykla.
XIX a. pr. vykęs Prūsijos - Prancūzijos karas nuskurdino kraštą, todėl valdžia pardavė Šilokarčemos dvarą ilgamečiam jo nuomininkui V. Radkei. Beje, Šilokarčemos plėtrą ribojo dvarininko nuostata neparduoti gyvenvietei dvaro žemės.
1818 m. Šilokarčema, nors ir neturėjo miesto statuso, tapo apskrities centru. Tai labai paskatino verslą, pradėjo kurtis pramonės įmonės. 1842 m. Šilokarčemoje pastatyta viena iš pirmųjų Rytų Prūsijoje sūrių gamykla, Aukštumalos pelkėje pradėtos kasti durpės, o 1882 m. Traksėdžiuose įsteigtas Rytų Prūsijos durpių kraiko fabrikas. 1873 m. Šilokarčemoje jau veikė žydų sinagoga. Dėl žemės stokos daugelis įstaigų – viešbučiai, bankai, spaustuvės – kūrėsi Žibų kaime. Čia 1845 m. pastatyti apskrities teismo rūmai bei 200 vietų kalėjimas. Nauji pastatai suformavo trikampę Žibų aikštę.
Verdainės gyvenvietės reikšmė smuko, nes ji liko už upės. Miesto raidai ypač didelę reikšmę turėjo 1850 m. nutiestas Klaipėdos - Tilžės plentas, sujungęs visas tris gyvenvietes, taip pat 1875 m. nutiestas geležinkelis Klaipėda - Tilžė ir pastatyta geležinkelio stotis.
Šilokarčemos gyvenvietės plėtrai didelę įtaką turėjo tai, jog dvarą 1889 m. nupirko Hugo Šojus. Jis dalį dvaro žemės dovanojo bendruomenės labui – liaudies mokyklos (1906 m.), gaisrinės (1911 m.), uosto (1912 m.), bažnyčios (1926 m.) bei ligoninės statyboms. Šilokarčemoje atsirado miestui būdinga infrastruktūra. 1910 m. prie Šilokarčemos oficialiai buvo prijungtos Žibų, Verdainės ir Cintjoniškių gyvenvietės. Gyventojų skaičius tuo metu siekė 3350.
Susisiekimui pagerinti apskrities viršininko Peterso iniciatyva Šyšos senvagėje buvo pastatytas uostas. Prie jo atvesta siaurojo geležinkelio atšaka, pastatyta siaurojo geležinkelio stotis su sandėliais. Į uostą atvykdavo laivai iš Karaliaučiaus, Tilžės, Klaipėdos.
1910-1914 m. paruoštame naujame gatvių plane surašytos 22 gatvės, 2 aikštės.
1913 m. prie Šilokarčemos buvo prijungtos Kalveliškių ir Barzdūnų gyvenvietės.
Po Pirmojo pasaulinio karo 1919 m. pagal Versalio sutartį Klaipėdos kraštas buvo perduotas valdyti Tautų Sąjungai (Antantei) ir iki 1923 m. kraštą valdė prancūzai. 1923 m. Verdainėje buvo priimta prisijungimo prie Lietuvos deklaracija ir šis kraštas 1924 m.autonominėmis teisėmis prijungtas prie Lietuvos Respublikos. Visi į Šilokarčemos apskrities centrą susijungę kaimai buvo pavadinti vienu vardu – Šilutė. 1926 metais Šilutė dar kartą pabandė gauti miesto teises, tačiau tam pasipriešino Krašto direktorija. 1938 m. Šilutėje buvo 38 pramonės įmonės su 300 darbininkų, veikė ligoninė, Žemės ūkio mokykla.
1939 m. hitlerinė Vokietija, pateikusi ultimatumą Lietuvos Respublikos Vyriausybei, užėmė Klaipėdos kraštą. 1941 m. buvo paruoštas miesto herbas, vėliava ir Šilutei (tuo metu - Heydekrug) suteiktos miesto teisės. Šio įvykio buvo laukta net kelis šimtmečius. 1943 m. sudarytame Šilutės miesto plane buvo 66 gatvės ir 1 aikštė, mieste gyveno 5 500 gyventojų. Antrojo pasaulinio karo pabaigoje 1944 m. spalio 9 d. Šilutė buvo užimta sovietinės armijos, beveik visi miesto gyventojai pasitraukė į Vakarų Europą. Po karo dalis miestiečių grįžo atgal į Šilutę, priklausiusią jau Tarybų Lietuvai. 1948 m. gegužės 22 d. sovietinei valdžiai pradėjus didžiausią Lietuvoje gyventojų trėmimą į Rusijos šiaurę, į vagonus pirmą kartą pateko ir Klaipėdos krašto gyventojai. Jie kartu su Švėkšnos, Žemaičių Naumiesčio apylinkių gyventojais buvo surinkti ir išvežti iš Šilutės traukinių stoties.
Į išbėgusiųjų artėjant frontui, į išvežtųjų į šiaurę žmonių namus buvo atkelti arba savo noru atvyko nauji gyventojai iš Didžiosios Lietuvos, Jie pradėjo kurti savo miestą. Karo metu Šilutėje buvo sugriauti tik keli pastatai – didelis viešbutis „Germania“ ir banko pastatas. Sovietiniu laikotarpiu buvo stengtasi kiek galima labiau suvienodinti miesto aplinką, senamiestis nyko, miesto centre buvo statomi standartiniai pastatai.
1990 m. atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, Šilutė tarsi atgimė – restauruojami senieji pastatai, mokyklos, pastatų savininkai perdažo namus, puošia aplinką, taip atskleidžiamas miesto architektūros savitumas. Visi pastebime, jog Šilutė iki šiol išlaikė Prūsijos provincijos miestelio vaizdą su jam būdinga architektūra ir išplanavimu.
Žymesnis Šilutės augimas, užstatant naujas teritorijas, vyko po išplanavimo projekto sudarymo 1964 m. Šiandien Šilutė yra savivaldybės centras. Šilutėje yra 163 gatvės ir takai, Turgaus aikštė, 1 prieplauka. Veikia 5 maldos namai, keli viešbučiai, prekybos centrai, keliolika barų, kavinių ir restoranų, boulingo klubas, turgus. Respublikoje ir už jos ribų plačiai yra žinomi Šilutėje veikiantys baldų, sūrių, bioetanolio, durpių gamintojai, transportu pervežimo paslaugas teikianti bendrovė. Savivaldybės teritorijoje darbuojasi kelios statybos bendrovės, kailių apdirbimo ir kailinių gaminių siuvimo įmonė, kiti smulkesnio verslo atstovai.
Šilutės seniūnijai priklauso 26 kaimai, o seniūnijos centras – Šilutė. Iš viso seniūnijoje gyvena per 25 tūkst. gyventojų, įkurtos 8 seniūnaitijos. Seniūnijos teritorijai priklauso Žalgirių kaimas, anksčiau vadintu Pelkininkų kaimu, Šyšos kilpoje įsikūręs savo istorija spalvingas Macikų kaimas. Čia tebestovi vokiečių rašytojo Hermano Zudermano namas-muziejus. Jonaičių kaime 1868 m. gimė Vydūnas, mokytojas, profesionalus rašytojas, filosofas ir kultūros veikėjas.
